Кентукському фермеру на ім'я Артур Шелбі загрожує втрата ферми через борги. Хоча він та його дружина, Емілі Шелбі, добре ставляться до рабів, Шелбі вирішує зібрати потрібні кошти, продавши работорговцю двох із них: дядька Тома, чоловіка середніх років із дружиною та дітьми, та Гаррі, сина покоївки Емілі Елізи. Емілі Шелбі ця ідея не до вподоби, оскільки вона обіцяла покоївці, що ні вона сама, ні її син ніколи не будуть продані. Син Емілі, Джордж Шелбі, теж проти втрати Тома, бо бачить у ньому друга й ментора.

Еліза підслухала розмову містера й місіс Шелбі, в якій вони обговорювали продаж Тома й Гаррі. Вона вирішує утекти, щоб урятувати сина. У романі стверджується, що рішення Елізи зумовлене страхом утрати єдиної живої дитини (уже дві її дитини померли немовлятами). Тієї ж ночі Еліза покидає ферму, залишивши господині записку з поясненнями й вибаченнями.

Тома продають, і він опиняється на судні, що пливе вниз річкю Міссісіпі. На борту Том знайомиться із білою дівчиною на ймення Єва. Вони швидко стають друзями на основі глибокої християнської віри. Батько Єви, Августин Сент-Клер, купує Тома й забирає його в Новий Орлеан.

Втікаючи, Еліза зустрічається зі своїм чоловіком, Джорджем Гаррісом, який утік раніше. Вони вирішують спробувати добратися до Канади. Однак, їх висліджує мисливець за рабами-втікачами Том Локер. Врешті Локер зі своїми людьми наздоганяють Елізу з родиною, і Джордж вимушений скинути його зі скелі. Стривожена тим, що Локер може померти, Еліза переконує Джорджа принести мисливця до найближчого поселення квакерів.

У Новому Орлеані Сент-Клер дискутує питання про рабство зі своєю двоюрідною сестрою Офелією із Півночі, яка, засуджуючи рабство, має упередження щодо чорношкірих людей. З іншого боку, попри те, що він рабовласник, Сент-Клер ставиться до чорношкірих без будь-якого упередження. Щоб доказати Офелії помилковість її поглядів, він купує молоду рабиню Топсі й просить Офелію виховати її.

Том жив у Сент-Клерів уже два роки, коли Єва серйозно занедужала. Перед смертю вона має видіння, в якому бачить небо, де її оточують близькі люди. Під впливом смерті Єви та її видіння інші персонажі вирішують змінити своє життя. Офелія обіцяє відкинути свої упередження щодо чорних, Топсі обіцяє буди чемною, а Сент-Клер дає клятву звільнити Тома.

Втікаючи, Еліза зустрічається зі своїм чоловіком, Джорджем Гаррісом, який утік раніше. Вони вирішують спробувати добратися до Канади. Однак, їх висліджує мисливець за рабами-втікачами Том Локер. Врешті Локер зі своїми людьми наздоганяють Елізу з родиною, і Джордж вимушений скинути його зі скелі. Стривожена тим, що Локер може померти, Еліза переконує Джорджа принести мисливця до найближчого поселенняквакерів.

У Новому Орлеані Сент-Клер дискутує питання про рабство зі своєю двоюрідною сестрою Офелією із Півночі, яка, засуджуючи рабство, має упередження щодо чорношкірих людей. З іншого боку, попри те, що він рабовласник, Сент-Клер ставиться до чорношкірих без будь-якого упередження. Щоб доказати Офелії помилковість її поглядів, він купує молоду рабиню Топсі й просить Офелію виховати її.

Том жив у Сент-Клерів уже два роки, коли Єва серйозно занедужала. Перед смертю вона має видіння, в якому бачить небо, де її оточують близькі люди. Під впливом смерті Єви та її видіння інші персонажі вирішують змінити своє життя. Офелія обіцяє відкинути свої упередження щодо чорних, Топсі обіцяє буди чемною, а Сент-Клер дає клятву звільнити Тома.

Сент-Клер не встиг виконати свою клятву. Він помер від ножового удару, якого зазнав на виході з таверни. Його дружина не стала виконувати волю чоловіка й продала Тома на аукціоні плантатору з поганою славою Саймону Легрі. Легрі, виходець із півночі, забирає Тома в луїзіанську глибинку, де Том знайомиться із іншими рабами, зокрема з Еммелін, купленою водночас із Томом.Легрі зненавидів Тома, коли той відмовився виконати наказ власника й відшмагати батогом іншу рабиню. Він жорстоко карає непокірного раба й вирішує зламати його віру в Бога. Незважаючи на жорстоке покарання, Том продовжує читати Біблію й робити все, щоб допомогти іншим рабам зносити страждання. На плантації Том знайомиться із рабинею Кессі. Їй довелося пережити втрату сина й доньки, проданих іншим рабовласникам. Не бажаючи знову бачити, як продають її дітей, вона вбила свою третю дитину.

Розповідь повертається до Тома Локера. Квакери вилікували його, й він змінився духовно. Джордж, Еліза і Гаррі зуміли пробратися до Канади та отримати свободу. А в Луїзіані дядько Том на межі відчаю. Страждання на плантації ледь не підірвали його віру в Господа. Однак, до нього приходять два видіння: Ісуса й Єви, які зміцнили його рішення залишатися вірним християнином навіть перед лицем смерті. Він підтримує план Кессі втекти. Врешті Кессі втікає, захопивши з собою Еммелін. Том відмовляється сказати власнику плантації, куди пішли Кессі та Еммелін, і Легрі велить своїм наглядачам убити його. Помираючи, Том пробачає наглядачів, які, присоромлені шляхетністю людини, яку щойно вбили, каються. Перед самою смертю Тома на плантацію прибуває Джордж Шелбі, син Артура Шелбі, з метою викупити раба, але вже надто пізно.

На судні, яким Кессі й Еммелін скористалися для втечі, вони зустрічають сестру Джорджа Гарріса, й разом із нею добираються до Канади. Кессі довідується, що Еліза — її втрачена донька. Усією родиною вони їдуть до Франції, а звідти до Ліберії, країни в Африці, створеної колишніми американськими рабами. Джордж Шелбі повертається на ферму в Кентуккі й звільняє всіх своїх рабів. Він розповідає їм про жертву Тома й просить не забувати про справжнє значення християнської віри.